La phytoépuration utilise des filtres plantés pour traiter les eaux usées, en s'appuyant sur les bactéries fixées autour des racines plus que sur les plantes elles-mêmes.
L'eau traverse des massifs de graviers plantés de roseaux. Les bactéries y dégradent la matière organique, les plantes maintiennent la porosité du filtre par le mouvement de leurs tiges et apportent de l'oxygène aux racines.
Filtres à écoulement vertical, généralement en deux étages, éventuellement suivis d'un filtre horizontal. Le système vertical accepte les eaux brutes sans fosse, ce qui simplifie l'installation domestique.
Pas de consommation électrique dans les configurations gravitaires, entretien simple, bonne intégration paysagère. En contrepartie, l'emprise au sol est importante, de l'ordre de deux mètres carrés par habitant, et un terrain plat ou en pente est nécessaire selon le système.
Les dispositifs doivent être agréés et leur installation contrôlée par le service public d'assainissement non collectif, avec un contrôle périodique du fonctionnement.